נקבוביות אפקטיבית נמדדת בכושר הסלע לאגור נוזלים. נקבוביות אפקטיבית פירושה כושר אגירה באותם הנקבובים שקיים שביל המקשר ביניהם, והיא בדרך כלל קטנה ביחס לנקבוביות כוללת. לכן, הנקבוביות לבדה אינה מספקת נתיב לנדידת הזורמים בתוך המבנה הסלעי. הנקבובים חייבים להיות מקושרים אחד למשנהו על מנת שיהיה סיכוי כלשהו לתגלית נפט/גז.