עיקרון מאגר הפחמן מבוסס על יכולת טבעית של עצים, צמחייה וקרקע לספוג את הפחמן הדו חמצני ולאגור את הפחמן באופן זמני בתוך עץ, שורשים, עלים וקרקע. מצדדי יתרון מאגרי הפחמן מציעים שקליטת פחמן דו חמצני ע”י עצים וקרקע תשמש כאמצעי כשיר להשגת צמצום פליטת גזי חממה על פי פרוטוקול קיוטו בדרך של הקטנת כמויות פחמן דו-חמצני הנפלט מדלק מאובנים. מאגרי הפחמן השתלטו על סדר היום האקולוגי, והסיחו את הדעת מהצורך הבלתי נמנע בריסון דרסטי של פליטות גזי החממה במדינות מתועשות