תפקידיה ויעדיה של יחידת הנפט נגזרים מכוח חוק הנפט התשי”ב – 1952 ומתקנותיו. תפקידים אלה כוללים:
• הענקת זכויות נפט ומעקב אחר מימוש זכויות אלה;
• ייעוץ לשר התשתיות הלאומיות, למנכ”ל המשרד, ולגופים השונים בתוך המשרד ומחוצה לו בכל הקשור למימוש של חוק הנפט.
בהתאם לקריטריונים ולנוהלי העבודה שנתקבלו ושנקבעו במשרד התשתיות הלאומיות באשר למתן זכויות הנפט במדינת ישראל והפיקוח עליהן, על יחידת הנפט ללוות כל בקשה של זכות חדשה, לוודא יכולתו המקצועית והכלכלית של הגוף המבקש, להכין את הבקשה לרמה שתוגש לדיון בוועדה המקצועית לענייני חוק הנפט של המשרד, בדרכה לדיוני המועצה המייעצת לענייני חוק הנפט ולקבלת המלצותיה. בשלב הבא תטפל היחידה בסיכום הנושא עם הגוף המבקש עד להענקת זכות נפט.

זכות הנפט הניתנת מלווה לרוב בתנאים מסוימים, הקשורים לתכניות עבודה של המבקש בשטח המבוקש. תכניות אלו קשורות במאמצי המבקש לאתר נקודת קידוח, לבצע את הקדיחה ולבחון את התצורות השונות אותן חדר המקדח בתת הקרקע.

כדי לתת חוות דעת מקצועיות (גיאולוגיות, גיאופיזיות או הנדסיות) ולבחון את מידת “השקידה הראויה” של מחפשי הנפט, כלשון החוק, על אנשי יחידת הנפט – או על הפועלים מטעמם – ללוות, במידת האפשר, את הפרוספקטים השונים, הן בשלבי התכנון (ע”י מעקב אחרי תכניות העבודה ודרכי ביצוען) והן בשלבי הקדיחה והמבחנים. ליווי ומעקב אלה מבוצעים על ידי אנשי היחידה. בשעת הצורך, הם מסתייעים בעבודות ביקורת ו/או מחקרים שונים במכון הגיאולוגי, במכון הגיאופיזי או בכל מוסד מתאים אחר, כמו האוניברסיטה העברית, הטכניון או גורמים אחרים. חלק נוסף מעבודת היחידה מוקדש לצד ההנדסי, החל מקבלת תכנית הקידוח ודרך תהליך הקדיחה וכלה בדו”ח נטישת הקידוח. בקידוחים מפיקים מדובר במעקב אחרי ההפקה והעתודות במאגרים.

תשומת לב מיוחדת נדרשת לבעיות המילוט של צינורות הדיפון בקידוח, כדי למנוע דליפות אפשריות ומעבר נוזלים בין שכבות דרך חלקי הקידוח השונים. המעקב אחר ההיבטים ההנדסיים של הקדיחה כולל גם את מבחני ההפקה במידה ונערכים כאלה, כמו כן, כולל שלב זה גם טיפול בשחרור ממכס של חומרים וציוד הקשורים בקידוח ובחיפוש נפט.

משנמצא נפט ו/או גז ילוו אנשי היחידה את כל הכרוך בנושא ההפקה החל מבעיות המאגר וכלה במעקב אחרי תשלום התמלוגים המגיעים לאוצר המדינה.

על אנשי היחידה לקיים קשר עם בעלי הזכויות המחפשים המחפשים ולדאוג לקבלת הדיווחים הנדרשים (תוצאות ומדגמים). עליהם להיפגש עם אנשי החברות במשרדיהן ובשדה, ובשלבי הביניים, להתרשם מהעבודות המבוצעות ומההתקדמות בביצוען, כל זה בטרם הגיעו העבודות לשלב הסופי, שאז תוגשנה ממילא כחלק מדוחות סופיים. משהוגשו אלו, יצטרכו אנשי היחידה ו/או אנשים מטעמה לבצע הערכה של עבודות אלו. הערכה זו תשמש כלי מרכזי בגיבוש עמדת המשרד מול הגוף המבצע ואל בקשותיו בעתיד. כמו כן תהווינה הערכות אלו לאחר מכן, חלק מהבסיס עליו תיקבע מפעם לפעם עמדת המשרד לגבי סיווג – דירוג האזור ורמת הסיכויים שבו למציאת נפט.