תצורות סלע חדירות ונקבוביות המשמשות כמאגרי מים. לעיתים ניתן להתאים אותן לאחסון גז טבעי, אך זוהי האפשרות היקרה ביותר והכי פחות רצויה שמפעילים אותה בד”כ באזורים שאין מאגרים מדולדלים. לכך מספר גורמים, כגון: 1) הצורך בניתוח מאפייני האקוויפר לקביעת התאמתו לאחסון גז טבעי. 2) התקנת תשתיות מתאימות (בארות, ציוד מיצוי, מתקני דה-הידרציה, קווי צינור וכו’). 3) לעיתים קיים צורך במתקן הזרקה רב עוצמה לדחיסת המים שבתוך התצורה על מנת לפנות מקום אחסון לגז טבעי. 4) יכולת השימור של האקוויפרים הינה נמוכה יותר ממאגרים מדולדלים. עקב כך חלק מהגז הטבעי שהוזרק לאחסון “בורח” מן התצורה ויש צורך לרכז אותו בתוך בארות איסוף (collector wells) ייעודיות לצורך זה. 5) כמות הגז הטבעי הנדרשת כשכבת בסיס / שכבת ריפוד (cushion gas) באקוויפרים היא גדולה יותר באופן משמעותי מזו הנדרשת בעבור מאגרים מדולדלים, ואף עלולה להגיע ל-80% מכלל הגז במאגר. 6) בניגוד למאגרים מדולדלים, שאיבת הגז הטבעי מהאקוויפרים עלולה לגרום נזק לתצורת סלע, ולכן לא יהיה ניתן להפיק את מרבית שכבת הבסיס של גז טבעי גם לאחר פינוי המאגר.